Фамилия Махина чаще всего оказывается матримониальной, то есть образованной от женского имени. В её основе лежит просторечная форма канонического имени Мария — Маха. Само имя Мария в переводе с древнееврейского толкуют как «любимая, желанная» или «госпожа», и в народной среде оно давало множество уменьшительных вариантов: Маня, Маруся, Маша и в том числе Маха. Фамилии, образованные от женских имён, — редкость: обычно род передавался по мужской линии. Такая форма могла закрепиться за детьми, которых воспитывала одна мать, либо за внебрачными сыновьями, либо в тех случаях, когда женщина была главой дома. Поэтому потомок женщины по имени Мария со временем получал фамилию Махина.

Существует и другая версия — от прозвища Мах, восходящего к глаголу «махать». Так могли назвать человека с размашистыми жестами, суетливого или, наоборот, того, кто привык полагаться «на авось», действовать наобум. Эта гипотеза выглядит менее правдоподобной: прозвищная основа Мах в русских говорах встречается заметно реже, чем широко распространённое женское имя, давшее множество фамилий на -ин. К тому же модель образования от имени через краткую форму — типичный путь для русских фамилий, тогда как прозвище Мах обычно давало бы форму Махов, а не Махин.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Махина буквально значит «дочь Махи» или «жена Махи». Это характерный северорусский и поволжский тип фамилий, где притяжательная форма на -ин широко использовалась наравне с -ов. В документах XVII–XVIII веков крестьян и посадских людей с таким именованием можно встретить в переписных книгах, но точное место и время возникновения конкретного рода Махиных устанавливается только генеалогическим исследованием по архивным записям. Процесс закрепления фамилий был долгим, и окончательная точка в этом вопросе — работа с метрическими книгами и ревизскими сказками.