Фамилия Махинин — из числа тех, что образованы от просторечной формы крестильного имени. В основе лежит имя Махиня — уменьшительная или обиходная форма от Матфей (в русском народном произношении часто звучала как Матвей) или от Макарий. В обоих случаях модель одна: полное имя сокращали, добавляли суффикс субъективной оценки -ин(я), а затем от прозвища Махиня через притяжательный суффикс -ин образовали фамилию. То есть Махинин буквально означает «сын Махини», «принадлежащий Махине».

Суффикс -ин в фамилии указывает на древнюю северную и центральнорусскую традицию: такие фамилии типичны для Новгородской, Псковской, Вологодской земель, а также для Поволжья. В отличие от южнорусских фамилий на -ов/-ев, модель на -ин чаще закреплялась за прозвищами и именами, оканчивающимися на гласный или мягкий согласный.

Встречается и более редкая версия: корень «мах» мог относиться к глаголу «махать» или существительному «мах» (размах, взмах). В таком случае Махиня — прозвище человека порывистого, широкого в движениях, возможно, неуклюжего или, наоборот, размашистого в работе. Но эта гипотеза менее вероятна: фамилии от глагольных корней с суффиксом -ин(я) встречаются реже, чем от имён.

С точки зрения социальной истории, Махинины не принадлежали к высшему дворянству — такие фамилии чаще всего носили крестьяне, посадские люди, реже однодворцы. В писцовых книгах и ревизских сказках XVII–XVIII веков фамилия фиксируется в основном в центральных и северных уездах: Костромском, Нижегородском, Вятском. Встречается и вариант написания с одной «н» — Махинин, что для фамилий на -ин нормально и не меняет смысла.

Таким образом, если вы носите фамилию Махинин, ваши предки, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками из центральной России, а их родоначальника звали в быту Махиня — сокращённо от Матвей или Макар.