Фамилия Махиничев — одна из тех, где за простым на первый взгляд звучанием скрывается неочевидная основа. Если отбросить типичный для русского Севера и Поволжья суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного), остаётся корень «Махинич». А это уже подсказка: перед нами не прозвище от ремесла или внешности, а отчество-полуотчество, образованное от имени Махиня.

Имя Махиня — это народная, разговорная форма канонического имени Максим. В русских говорах, особенно в северных и сибирских, звук «кс» часто упрощали или заменяли: Максим превращался в Максиня, а затем и в Махиня. Подобные трансформации — обычное дело для живой речи: так из Евдокии получалась Овдотья, а из Алексея — Олекса. Махиня — уменьшительно-ласкательный вариант, который закрепился как самостоятельное имя. Человек, носивший его, получал отчество Махинич — «сын Махини». А его дети уже становились Махиничевыми.

Модель образования фамилии — патронимическая, с суффиксом -ев, что типично для фамилий, возникших из отчеств на -ич. В отличие от южнорусских и западнорусских земель, где отчества на -ич могли становиться фамилиями без дополнительного суффикла (например, Петрович), на севере и востоке России такие формы часто обрастали «фамильным» суффиксом -ов/-ев. Махиничев — это буквально «внук Махини», то есть потомок того самого Махини.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где было распространено имя Максим в его просторечных формах: Вологодская, Архангельская, Кировская области, а также Урал и Сибирь, куда переселенцы приносили свои говоры. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении — вероятно, от одного или нескольких родоначальников в конкретной местности.

Спорных версий здесь немного. Иногда пытаются связать корень с глаголом «махать» или словом «махина» (большой предмет), но это натяжка: имя Махиня имеет чёткую церковную этимологию, и фамилия образована именно от него, а не от бытового прозвища. Так что предки современных Махиничевых, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, носившими имя Максим в его местном, «обкатанном» языком варианте.