Фамилия Махинов в первой версии восходит к прозвищу Махин, которое связано с диалектным словом «махина» — так называли большой, громоздкий предмет. Применительно к человеку это слово могло означать «высокий», «мощный», «плотный, крепкий». Скорее всего, прозвище закрепилось за предком с заметной, крупной внешностью, и потомки со временем получили фамилию по этому признаку. Эта версия выглядит наиболее естественной, поскольку прозвища по физическим особенностям были широко распространены и легко закреплялись в быту.

Существует и другая, не менее интересная трактовка. Фамилия Махинов может быть отчеством второго порядка: Махинов — дочь Махина — внучка Махи. Имя Маха — просторечная форма женского имени Мария, которое в переводе с древнееврейского означает «любимая, желанная; госпожа». Фамилии, образованные от женских имён, обычно возникали в тех случаях, когда женщина становилась главой семьи: после вдовства, тяжёлой болезни мужа или его долгого отсутствия из-за службы в армии. Времена рекрутских наборов, когда мужчины обязаны были отслужить 25 лет, нередко оставляли семью без кормильца, и тогда хозяйство вела жена, а дети получали фамилию по её имени.

Третья версия, менее правдоподобная, связывает прозвище Махин с глаголом «махать». Такое прозвище могло относиться к роду занятий: махание, проветривание, веяние использовали при помоле муки на мельнице или при изготовлении льняной ткани. Но эта гипотеза уступает первым двум: слишком общее действие, вряд ли оно дало бы устойчивое прозвище, тогда как внешность или имя матери — более конкретные и частые основания для фамилии. Так что потомки человека по прозвищу Махин могли носить фамилию Махинов, но точную причину её появления сегодня уже не установить.