Фамилия Махмуджанов — яркий пример того, как личное имя, пройдя через суффиксальную обработку, превратилось в родовое прозвание. Её основа — составное мусульманское имя Махмуджан, распространённое у народов Средней Азии и Поволжья (узбеков, таджиков, татар). Первая часть, Махмуд, восходит к арабскому корню «хамида» — «хвалить, восхвалять». Махмуд означает «достойный похвалы», «восхваляемый». Это одно из имён, родственных эпитету пророка Мухаммеда. Вторая часть, -жан (от персидского «джан» — «душа, жизнь»), выступает в роли ласкательно-уважительного компонента. Вместе имя Махмуджан можно перевести как «восхваляемая душа» или «достойный похвалы человек», причём второй компонент придаёт имени оттенок теплоты и близости.

Суффикс -ов в конце фамилии — типичный русский патронимический формант, который в XVI–XIX веках активно использовался для русификации нерусских имён и фамилий при включении их в общероссийскую систему делопроизводства. Таким образом, Махмуджанов буквально означает «сын Махмуджана» или «потомок Махмуджана». В отличие от восточных систем, где имя отца могло просто прибавляться без изменений (например, Махмуджан-оглы), русский суффикс -ов сделал фамилию грамматически адаптированной для склонения и учёта в документах Российской империи.

Географически фамилия Махмуджанов наиболее характерна для Узбекистана, Таджикистана, а также для татарской диаспоры в России. Встречается она и у казахов, хотя у них чаще используют форму Махмуджанов с тем же значением. Социальный контекст её появления — это в основном среда ремесленников, торговцев или крестьян, которые в конце XIX — начале XX века получали паспорта и фамилии по имени отца. Дворянских корней у неё нет: в России эта фамилия никогда не входила в табели о рангах или родословные книги.

Особенность фамилии — её двойная этимология: с одной стороны, она несёт арабскую религиозную традицию (имя Махмуд), с другой — персидский ласкательный элемент (джан), что говорит о культурном синтезе в регионе её бытования. В написании возможны варианты через «х» (Махмуджанов) или реже через «г» (Магмуджанов), но первый вариант является нормативным. Редкий суффикс -жан-ов, а не просто -ов, делает фамилию легко узнаваемой среди других патронимов на -ов.