Фамилия Махняев принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от личного имени или прозвища предка. В её основе лежит имя Махняй, которое, в свою очередь, является уменьшительной формой имени Махно — украинской производной от мужских имён, начинающихся на «Ма-». Чаще всего это Макар (с греческого — «блаженный, счастливый») или Матвей (с древнееврейского — «дарованный богом»). Такая модель словообразования типична для южнорусских и украинских земель, где имена часто усекались и получали суффиксы -няй, -ха, -хно.

Однако существует и вторая, не менее правдоподобная версия. Махняй могло быть не именем, а прозвищем, образованным от слова «махоня» — так в некоторых говорах называли маленького, невысокого человека. В этом случае прозвище указывало на внешние особенности родоначальника: невысокий рост, щуплое телосложение. Подобные прозвища, описывающие внешность, давали людям в среде соседей и родни, и они легко закреплялись за потомками.

Сам суффикс -яй в основе фамилии — редкая деталь, которая выделяет её среди более частотных образований на -ов и -ин. Он характерен для древнерусских некалендарных имён и прозвищ, таких как Бодяй или Гуляй, и придаёт основе фамилии оттенок просторечия и бытовой близости. Фамилия с таким суффиксом могла возникнуть в среде крестьянства или посадских людей, где прозвища бытовали повсеместно.

Присоединение родового окончания -ев (вместо более ожидаемого -ов) объясняется мягкостью конечного согласного основы: Махняй → Махняев. Такой переход типичен для русской ономастики: потомки человека по имени или прозвищу Махняй со временем стали писаться как Махняевы, и эта форма закрепилась в документах.

Выбрать между двумя версиями сложно, но обе они ведут к одному выводу: фамилия не связана с каким-либо сословием или профессией, а отражает личное имя или характерную черту предка. Если первая версия отсылает к церковному имени, то вторая — к народной наблюдательности, которая давала меткие прозвища. В любом случае, фамилия Махняев — живой след той эпохи, когда личное прозвание человека становилось наследием для его детей и внуков.