Основой фамилии Махняев послужило церковное имя Махняй. Имя Махняй, вероятно, является уменьшительной формой имени Махно – украинской производной формы одного из мужских личных имен, начинающихся с Ма-: Макар (в переводе с греческого – «блаженный, счастливый») или Матвей (в переводе с древнееврейского – «дарованный богом»). Также нельзя исключать возможность происхождения фамилии Махняев от прозвища Махняй, которое происходит от слова «махоня», то есть «маленький, невысокий человек». В этом случае, прозвище Махняй указывало на внешние особенности предка. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Махняй, со временем получил фамилию Махняев.