Фамилия Махняева напрямую связана с личным именем или прозвищем Махняй, которое и стало её основой. Перед нами классическая модель русских фамилий: к основе, оканчивающейся на мягкий согласный, добавили патронимический суффикс -ев, означающий «сын» или «потомок». То есть Махняев — это буквально «сын Махняя», а сама фамилия закрепилась за родом, когда имя предка стало передаваться по наследству.

Корень имени Махняй уходит в украинскую народную традицию. Скорее всего, это уменьшительная форма от имени Махно, которое, в свою очередь, служило производным от канонических мужских имён, начинающихся на «Ма-». Здесь возможны два основных варианта: Макар (от греческого «макариос» — блаженный, счастливый) или Матвей (от древнееврейского «матитьягу» — дарованный богом). В украинской среде такие сокращения и ласкательные формы были обычным делом, поэтому имя Махно, а затем и Махняй не были редкостью в южнорусских и малороссийских говорах.

Однако у имени Махняй есть и второе, прозвищное прочтение. В некоторых диалектах бытовало слово «махоня» — так называли маленького, невысокого человека. В этом случае прозвище Махняй могло закрепиться за предком не по имени, а по его внешности, указывая на невысокий рост или щуплое телосложение. Такая версия не менее правдоподобна, и обе гипотезы имеют право на существование, тем более что граница между личным именем и прозвищем в те времена часто стиралась.

Обращает на себя внимание и простое сословие основателя рода. Форма Махняй — народная, разговорная, далёкая от книжной традиции. Это говорит о том, что предок Махняевых, скорее всего, был крестьянином, ремесленником или казаком, а не представителем знати, где использовали бы полное церковное имя. Фамилия закрепилась в среде, где прозвища и домашние имена были естественной частью обихода, и лишь позже, при переписях, превратилась в наследственную. Так потомок человека по имени или прозвищу Махняй со временем стал писаться Махняевым.