Фамилия Маняева хранит память о внутрисемейном имени Маняй, от которого и была образована по модели с суффиксом -ев (указывающим на принадлежность: «чей?» — сын Маняя). Эта модель типична для фамилий, возникших в русской среде из прозвищ или нецерковных имён.

Самая вероятная версия связывает имя Маняй с мордовским словом «мани» — «ясный». Родители могли назвать так сына в пожелание, чтобы он вырос мудрым, открытым и проницательным человеком. Мордовское происхождение подтверждается и географией: фамилия преимущественно встречается в Мордовской Республике, а также в Иркутской и Самарской областях. Отдельные носители живут в Белоруссии и Казахстане.

Есть и другая гипотеза: Маняев — фонетический вариант фамилии Манаев, восходящей к имени Манай. В этом случае основу могли составить турецкое «mana» («смысл, значение, мысль») и древнетюркское «ай» («месяц»). У «ай» был широкий спектр переносных значений: «красивый, святой, чистый, светлый, умный, дорогой, счастливый». Компонент «ай» часто встречается в сложных тюркских именах, и родители могли вложить в имя Манай пожелание сыну быть рассудительным и душевно светлым.

Известен конкретный носитель фамилии — участник Великой Отечественной войны Александр Иванович Маняев (1919–1942), внесённый в Книгу памяти Тверской области (Бологовский район). Это одна из немногих документальных фиксаций фамилии, связывающая её с реальной историей.