Фамилия Маняко — редкий пример украинской фамилии с суффиксом -ко, который в восточнославянской ономастике указывает на происхождение по отцу или на уменьшительно-ласкательную форму имени. В отличие от более распространённых фамилий на -енко или -ук, модель на -ко часто закреплялась за прозвищами или личными именами, особенно в южных и центральных регионах Украины. Основа Маня- восходит к уменьшительной форме от канонического имени Эммануил (в народной речи — Мануил, Маня) или от редкого имени Мануйло. Вторая версия, менее очевидная, связывает основу с диалектным словом «маня» — так в некоторых говорах называли приманку, нечто манящее, а в переносном смысле — хитрого или льстивого человека. Тогда прозвище Маняко могли дать пронырливому, умеющему уговорить человеку.

Географически фамилия тяготеет к западным и центральным областям Украины — в частности, к Волыни и Подолью, где суффикс -ко в фамилиях встречается особенно часто. В документах XIX века носители фамилии Маняко фиксировались среди казаков и мещан, что характерно для украинских фамилий этой модели: они не были привилегией шляхты или крестьян, а возникали в среде свободных военных поселенцев и ремесленников. В отличие от фамилий на -ский, которые часто указывали на дворянское происхождение, Маняко — типично народная, «уличная» фамилия, которая закрепилась за родом через прозвище или имя предка.

С точки зрения словообразования фамилия интересна тем, что сохранила суффикс -як-, который в украинском языке мог указывать на принадлежность к определённому типу людей (ср. «бідняк», «веселяк»). В сочетании с конечным -о фамилия Маняко звучит как типичное украинское прозвище, которое впоследствии стало наследственным. В русском языке фамилия не склоняется, если её носитель — мужчина, но в украинском контексте формы вроде «Маняка» (родительный падеж) вполне органичны. Встречаются также варианты написания с одной «н» (Манако), но они редки и, вероятно, возникли из-за ошибок в документах или под влиянием белорусской фонетики.