Фамилия Макня — редкая и неоднозначная. Её происхождение не лежит на поверхности, и это как раз тот случай, когда угадывать корень сложнее, чем кажется. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ин, она заканчивается на -я, что сразу выдаёт либо украинское, либо белорусское влияние, либо прозвищное происхождение, не прошедшее стандартную русификацию.

Самая вероятная версия — прозвище Макня. В южнорусских и украинских говорах «макня» или «макiтра» — это глиняная посуда, макитра, в которой толкут мак, перетирают семена. Человек, который делал такую посуду (гончар) или постоянно ею пользовался (например, повар или торговец маком), мог получить прозвище Макня. В этом случае фамилия — профессиональная, указывает на ремесло или занятие предка.

Вторая версия — отголоски личного имени. В старину существовало каноническое имя Макарий (от греч. «макариос» — блаженный, счастливый). В быту его сокращали до Макар, Мака, Маканя. Форма «Макня» могла возникнуть как ещё один вариант этого сокращения, особенно в диалектах, где «кня» звучит естественно (сравните: «батя» — «батня»). Тогда фамилия — отчество в чистом виде, означающее «сын Макара» или «сын Маки».

Третья, менее вероятная, но возможная линия — топонимическая. В Беларуси и на западе России есть несколько мелких деревень и хуторов с названием Макня или похожими (например, Макнята). Переселенцы нередко получали фамилию по месту, откуда вышли.

Суффикса как такового в фамилии нет — она застыла в форме прозвища. Это характерно для ранних украинских и белорусских фамилий, которые не переоформлялись в «-ов» или «-ин» при переходе в официальный документооборот. Встречается Макня преимущественно на территории современной Украины (особенно в Черкасской и Полтавской областях) и в приграничных районах России. Носители фамилии, как правило, потомки крестьян или ремесленников, а не дворян — фамилии такой модели редко закреплялись за высшими сословиями.