Фамилия Макшеев происходит от прозвища Макшей. Чаще всего его связывают с тюркским словом «мокшей» — фонетическим вариантом «бакшей». В тюркских языках звуки [м] и [б] часто меняются, поэтому «бакшей» превратился в «макшей». Бакшеем называли писаря, а также знахаря или народного певца-сказителя. Получается, что прозвище Макшей было профессиональным: так могли прозвать грамотного человека или лекаря. Фамилию образовали по стандартной русской модели: к основе Макшей добавили патронимический суффикс -ев, и получилось «сын Макшея» — Макшеев.

Есть и другая версия, менее распространённая. Согласно ей, Макшей — это народная форма крестильного имени Максим. В переводе с греческого Максим означает «величайший». Но эта гипотеза слабее: имя Максим давало фамилии Максимов, Максимович и другие, а форма Макшей для него нетипична.

В истории известен дворянский род Макшеевых. Его возводят к Калемету и Асеметелиму Макшеевым — крещёным татарам, которые в 1568 году служили митрополитам и патриарху в Ярославле. Эта запись в документах — одна из самых ранних фиксаций фамилии. Самый известный носитель фамилии — Алексей Иванович Макшеев (1822–1892), русский генерал и профессор Николаевской академии Генерального штаба.