Фамилию Макшеева чаще всего выводят из тюркского прозвища Макшей — фонетического варианта слова «бакшей». В тюркских языках звуки [м] и [б] нередко меняются местами, поэтому корень один. Бакшеем называли писаря, знахаря или народного певца-сказителя. Значит, прозвище Макшей указывало на род занятий: предок мог быть грамотным человеком при каком-нибудь ведомстве или же лекарем, хранителем устных преданий.

Есть и вторая версия: Макшей — это производная форма крестильного имени Максим (от греческого «величайший»). Такой путь образования фамилий (от уменьшительного имени через отчество) в русской среде встречается постоянно. Какая из гипотез правдоподобнее? Тюркская подкреплена конкретным словом «бакшей» с объяснимой заменой звуков, к тому же в истории известен дворянский род Макшеевых, который связывают с крещеными татарами. В 1568 году некие Калемет и Асеметелим Макшеевы числились слугами митрополитов и патриарха в Ярославле — это прямое указание на тюркские корни.

Среди известных носителей — Алексей Иванович Макшеев (1822–1892), русский генерал и профессор Николаевской академии Генерального штаба. Его биография подтверждает, что фамилия не была крестьянской или мещанской по происхождению: дворянский род Макшеевых существовал реально, а не только в преданиях. В целом фамилия Макшеева хранит память либо о грамотном тюркском предке-писце, либо о человеке по имени Максим, которого в быту звали сокращённо Макшей.