Фамилия Макубаев — не самая частая, и её происхождение стоит искать не в славянской, а в тюркской ономастике. Основа фамилии — личное имя Макуба (Макубай), которое образовано от арабского «макбул» — «принятый», «одобряемый», «угодный». В тюркской среде это имя нередко давали с пожеланием, чтобы ребёнок был принят Богом, то есть желанным и благословенным. Суффикс -ев указывает на русскую модель оформления фамилий: так в XIX–XX веках фиксировали тюркские имена в документах Российской империи, добавляя патронимический суффикс.

Интересна вариативность написания. Встречаются формы Макубаев и Макубайев, причём вторая точнее передаёт исходное имя. Если в основе лежит имя Макубай, то оно относится к двухосновным тюркским именам, где вторая часть — «бай» (богатый, господин). В таком случае первая часть может восходить к «мак» — «удар», «сила» (в некоторых тюркских языках), и тогда имя означало бы «могучий богатырь». Однако более убедительной выглядит версия с арабским заимствованием, поскольку имя Макуба (без «й») фиксируется в мусульманских именословах.

Географически фамилия распространена в Казахстане и среди тюркоязычных народов России, особенно в Оренбургской, Астраханской областях и в Башкортостане. Это говорит о том, что предки носителей фамилии были, скорее всего, казахами, башкирами или татарами, получившими фамилию при переписях или при переходе на оседлость. Сословно — чаще крестьяне или скотоводы, реже — служилые люди.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Макубов, Макубай) показывает, что форма Макубаев закрепилась именно в русскоязычной документации, где суффикс -ев стал стандартным для тюркских основ. Если вы встретите вариант Макубаев с ударением на последний слог — это казахская огласовка, с ударением на второй — русская адаптация.