Фамилия Малкубаева — один из тех родовых имен, в которых отчетливо слышна восточная культура и тюркская традиция имянаречения. Она образована от мужского имени Малкубай, которое состоит из двух смысловых частей.

Первая основа — «мал» — восходит к тюркскому слову со значением «скот». В традиционном хозяйстве народов Востока скот был мерилом достатка и основой благосостояния семьи. Включая в имя ребенка корень «мал», родители закладывали пожелание богатства, сытости и хозяйского достатка.

Вторая часть имени — «кубай». Это старинное тюркско-татарское имя, которое связывают со словом «куба» — «бледно-бурый», «светло-серый». Такой цветовой эпитет в тюркской антропонимии мог указывать на внешность (светлый или русый оттенок волос) либо на масть скота, что снова отсылает к скотоводческому быту. Завершает имя аффикс «-ай», который в тюркских языках выполняет роль призывно-повелительного или уменьшительно-ласкательного элемента, характерного для личных имен.

Фамилия оформлена по русской грамматической модели: суффикс «-ева» указывает на принадлежность (буквально «дочь или жена Малкубая»). Сама фамилия Малкубаева — женская форма; мужской вариант — Малкубаев. В отличие от турецких фамилий с компонентом «-оглу» (потомок, сын), здесь использован славянский патронимический суффикс, что типично для фамилий тюркского происхождения, которые бытуют на территории России и бывшего СССР.

Корни фамилии ведут в среду тюркоязычных народов, где имя Малкубай могло быть распространено среди башкир, татар или казахов. Судя по составу, предки носительницы фамилии были людьми хозяйственными, для которых скот и земля составляли основу жизни, и имя давалось с надеждой на крепкое и зажиточное будущее.