Фамилия Макубаева — женская форма, мужской вариант — Макубаев. В основе лежит тюркское имя Макубай. Чтобы понять его значение, разбираем имя на части: «маку» и «бай». «Бай» — очень распространённый компонент в тюркских именах, означает «богатый», «господин», «хозяин», часто использовался как пожелание достатка и уважения в будущем. С «маку» сложнее. Вероятнее всего, это искажённое или диалектное произношение арабского имени «Магомет» (Мухаммед) — в тюркской среде оно часто звучало как «Макум», «Макам», «Макут». В таком случае Макубай означает «богатый, как Мухаммед» или «богатство Магомета». Есть и другая версия: «маку» могло быть местным прозвищем или названием местности, но арабский корень выглядит убедительнее, так как имена с религиозным подтекстом были популярны у мусульманских народов.

Модель образования фамилии типична для регионов, где русская администрация фиксировала тюркские имена по патронимическому принципу: к имени отца (Макубай) добавляли русский суффикс принадлежности -ев (в мужском роде — Макубаев), а затем образовывали женскую форму через окончание -а. Фамилия не древняя: она появилась не раньше середины XIX века, когда у казахов, башкир, татар и других народов начали массово закреплять фамилии по отцу.

Географически фамилия Макубаева тяготеет к Казахстану и прилегающим тюркоязычным регионам. Встречается также у башкир и ногайцев. Сословно предки Макубаевых, скорее всего, были скотоводами или земледельцами — «бай» в имени указывает скорее на пожелание, чем на реальное богатство, но могло означать и зажиточного хозяина. В дореволюционных записях эта фамилия почти не встречается среди дворянства или купечества — это народная, крестьянская фамилия, что типично для поздних тюркских патронимов.