Фамилия Макудера — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу указывает на её нерусские корни. Скорее всего, перед нами фамилия польского, украинского или белорусского происхождения, причём с очень конкретной географической привязкой.

Основа фамилии — «макудера» — скорее всего, не имя, а прозвище. В польском языке есть слово «makudra» или «makudera», которое в диалектах означало «неумеха», «растяпа», «человек, который всё делает невпопад». В некоторых говорах так называли человека с нелепой, смешной походкой или того, кто постоянно попадает в неловкие ситуации. Таким образом, фамилия образована напрямую от прозвища, без дополнительных суффиксов, по модели, характерной для западнославянских и украинских фамилий (сравните: Нехода, Заброда, Непийвода). Макудерой окрестили предка за какую-то особенность поведения или внешности, и это прозвище закрепилось за его потомками.

Есть и вторая, менее вероятная версия. В некоторых польских источниках встречается слово «makudra» как вариант названия растения или травы. В этом случае фамилия могла быть прозвищем травника, знахаря или человека, жившего в местности, изобилующей этим растением. Но эта гипотеза слабее, так как не подкреплена широкой диалектной базой.

Фамилия Макудера практически не встречается в центральной России. Её ареал — западные области Украины (Волынь, Подолье) и юго-восточная Польша (Люблинское воеводство). В XIX веке носители фамилии могли быть крестьянами или мещанами небольших местечек. Своеобразие фамилии в том, что она не просто описывает предка, а даёт эмоциональную, часто ироничную характеристику — в отличие от более нейтральных профессиональных фамилий.