Фамилия Макули — редкий случай, когда географический след важнее морфологического разбора. Скорее всего, перед нами не славянская, а балтийская или западнофинская фамилия, попавшая в русский контекст. Если бы мы искали русскую основу, то увидели бы суффикс -уля, характерный для украинских и белорусских прозвищ (как Макула, Макуленок), но окончание -и выбивается из привычной модели. В русских фамилиях такое окончание обычно указывает на родительный падеж множественного числа (чьих? — Макулиных), но в виде застывшей формы «Макули» без отчества или прозвищного контекста встречается редко.

Куда увереннее фамилия ложится на литовскую или латышскую почву. В Литве есть распространённая фамилия Makulis, образованная от глагола makėti — «платить» или от слова makas — «кошелёк, мошна». Прозвище Макулис могли дать человеку, связанному с деньгами: сборщику податей, казначею или просто расчётливому хозяину. В русском обиходе литовское окончание -ис часто отбрасывалось или заменялось на -и, так что Макули — это русифицированный вариант балтийской фамилии.

Вторая версия — финно-угорская. В карельском и вепсском языках есть слово maku — «вкус, смак», а суффикс -li образует прилагательные. Фамилия могла возникнуть как прозвище гурмана или повара. В Карелии и на северо-западе России действительно встречаются фамилии Макулин, Макулиев, а форма без суффикса — Макули — могла закрепиться в среде ингерманландских финнов или карел, перешедших на русский язык.

Географически фамилия редкая, но её следы находят в Ленинградской области, в Пскове и в Беларуси. В польском языке есть слово makula (от латинского macula — «пятно»), но это скорее случайное совпадение, так как в польской фамильной системе такое окончание нехарактерно.

Если ваш предок носил фамилию Макули, то, скорее всего, он был выходцем из западных губерний Российской империи — либо литовцем по происхождению, либо представителем финно-угорского населения северо-запада. Прозвище могло указывать на денежную профессию или на кулинарные пристрастия, но в любом случае это не «крестьянская» фамилия от имени отца, а прозвищная, с выраженным личным признаком.