Фамилия Маланухина — женская форма от Маланухин, и её разговорное звучание сразу выдаёт бытовую, нецерковную основу. В официальных документах XIX века вы почти не встретите такого окончания: в метрических книгах писали бы «Маланухинъ», а современная форма на -а закрепилась уже в советских паспортах. Но происхождение у мужского и женского варианта общее.

Корень здесь — просторечное имя Маланья. Это народная форма канонического имени Мелания (от греческого «мелайна» — чёрная, тёмная). В русских говорах имя Мелания превратилось в Маланью, а от него пошли уменьшительные варианты: Маланя, Малаха, Малануха. Суффикс -ух- в имени Малануха — типичный для северных и северо-восточных говоров (сравните: Петруха, Митюха, Ванюха). Он придавал имени оттенок фамильярности или принадлежности к крестьянской среде.

Фамилия образована по простой модели: от прозвища или уличного имени Малануха взяли основу и добавили суффикс принадлежности -ин. Маланухин буквально означает «сын (или потомок) Маланухи». Исходное имя Малануха мог получить человек, которого в семье или деревне звали так в быту — либо по имени матери (если она была Маланья), либо по какой-то внешней черте, связанной с тёмным цветом волос или кожи (от значения «чёрная»). Второй вариант менее вероятен: в крестьянской среде прозвища чаще давали по именам, а не по прямым признакам.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России. Встречается в архивах Вологодской, Костромской, Кировской губерний — именно там суффикс -ух- был особенно распространён. В южных и западных регионах чаще использовали форму Маланьин или Меланьин.

Одна деталь, которая отличает Маланухиных от многих фамилий на -ин: здесь не было перехода «а» в «о» под ударением. В говорах имя Маланья произносили с ударением на второй слог (ма-ЛА-нья), и фамилия сохранила это ударение: Малану́хин. Если бы исходная форма была с ударным первым слогом, фамилия могла бы звучать как Моланухин — но таких вариантов ономастика не фиксирует.

Сословно фамилия почти наверняка крестьянская. В дворянских родах подобные просторечные формы не встречались: там предпочитали церковное Меланьев или польско-украинское Меланевич. Так что предки современных Маланухиных — скорее всего, государственные или помещичьи крестьяне из северных губерний, где имя Маланья было одним из самых распространённых женских имён в XVII–XVIII веках.