Фамилия Малинухина — женская форма фамилии Малинухин, а та в свою очередь образована от прозвища или нецерковного имени Малинуха. Основа здесь — «малина», то есть ягода, но не торопитесь делать вывод, что предок торговал малиной или жил в малиннике. В русской ономастике связь с растениями часто оказывается вторичной, а на первом месте стоит прозвищная модель.

Слово «малина» в диалектах имело и переносные значения. В некоторых говорах «малиной» называли приятного, ласкового человека, реже — того, кто любит лакомиться или сладко поесть. Прозвище Малинуха могло достаться человеку с мягким характером, либо, напротив, иронично — болтуну или льстецу (ср. «рассыпаться мелким бесом»). Кроме того, «малина» в воровском арго XIX века означала притон, но это значение слишком позднее и криминальное, чтобы влиять на массовые крестьянские фамилии.

Суффикс -ух(а) в прозвищах — типичный для восточнославянской антропонимии: он придавал слову оттенок просторечия, фамильярности или уменьшительности. Сравните: Грязнуха, Толстуха, Сластёна (от «сласть»). Малинуха — это не ягодный куст, а человек, которого так прозвали по одному из этих признаков. Фамилии на -ин образованы по притяжательной модели: «чей сын?» — Малинухин, то есть сын Малинухи.

Географически фамилия Малинухин (и Малинухина) редкая, но встречается в центральных и северных областях России — от Владимирской до Архангельской. В южных регионах её почти нет, что косвенно подтверждает диалектное происхождение: слово «малина» и прозвищная модель с -уха активнее бытовали именно в северо-восточных говорах.

Однокоренные фамилии — Малинин, Малинкин, Малинников — образованы от тех же основ, но с другими суффиксами. Малинухин стоит особняком: он указывает не на профессию (как Малинников — сборщик или продавец малины), а именно на личное прозвище. Поэтому, скорее всего, первый носитель фамилии был просто человеком с характером, а не ягодником или садоводом.