Фамилия Маланухин — редкий пример, где основа, скорее всего, не русская, а календарная, но прошедшая через народную переработку. В её центре лежит крестильное имя Маланий (от греческого «мелас» — чёрный, тёмный). В православных святцах это имя встречается в женской форме — Малания (в просторечии Маланья). Однако фамилия образована с помощью патронимического суффикса -ин, который в русской традиции крепится к основам на -а/-я. Следовательно, в основе лежит разговорная форма Маланя или Малануха.

Ключевая особенность — суффикс -ух- в середине слова. В русских фамилиях он редок и обычно указывает на прозвищное происхождение: так называли человека по какой-то яркой черте или по отношению к нему (например, «Малануха» — возможно, ласкательное или, наоборот, ироничное прозвище сына или внука Маланьи). Фамилии на -ухин (сравните: Ванюхин, Петрухин) характерны для северных и центральных областей России, особенно для бывших новгородских земель. Встречаются они и на Урале, куда переселенцы принесли эту модель.

Есть и вторая, менее вероятная версия: связь с диалектным словом «маланый» — слабый, хилый, малорослый. В этом случае Маланухин — потомок человека, которого прозвали Маланухой за тщедушное сложение. Но первая версия — от имени — выглядит убедительнее, так как суффикс -ух- при именах собственных встречается чаще, чем при нарицательных прозвищах.

В документах фамилия встречается с XVII–XVIII веков, но массово не распространена. Самый заметный след — в Оренбургской области и в Пермском крае, что подтверждает её севернорусские корни. Однокоренные варианты — Маланин, Маланов, Маланычев — более часты и прозрачны. Маланухин же стоит особняком, сохраняя ту самую нестандартную «ухающую» форму, которая сразу выдает носителя как потомка человека, которого в деревне звали не просто по имени, а с оттенком — лаской или насмешкой.