Фамилия Маланин в своей основе имеет прозвище Маланя. Скорее всего, его давали ребенку как ласкательное домашнее имя, образованное от корня «мал» — по смыслу оно близко к словам «Малой», «Малец» или «Малыка». Такие прозвища были распространены в русских семьях: так могли назвать младшего сына или просто маленького и хрупкого ребенка, и со временем это прозвище закрепилось за родом в виде фамилии.

Менее вероятно, что фамилия восходит к крестильному имени. В русском именослове есть женское имя Маланья (от греческого Мелания — «черная, темная») и мужское Малахий (в переводе с древнееврейского «посланник Бога»). Маланя могла быть просторечной, сокращенной формой обоих этих имен. Однако для фамилии на -ин, которая образуется от слов, оканчивающихся на -а или -я, характернее связь именно с прозвищем, а не с церковным именем. К тому же, если бы основой было крестильное имя, фамилия чаще звучала бы как Малахиин или Меланьин, а не Маланин.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Маланин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Маланя. Такая модель образования — одна из самых распространенных в северных и центральных областях России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на юге.

Географически фамилия Маланин не привязана к одной местности, но чаще встречается в Поволжье и на Урале. Встречаются также однокоренные фамилии: Маланов (от той же основы, но с другим суффиксом), Малышев, Мальцев, Малютин — все они образованы от разных уменьшительных форм того же корня «мал». Это помогает увидеть, что прозвищная основа была очень живой и разнообразной в народной среде.