Фамилия Маланюк — характерный пример украинской модели фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -ук/-юк. Этот суффикс в украинской ономастике указывает на родство: Маланюк буквально означает «сын (или потомок) Малани». В основе лежит женское имя Меланья (греч. «чёрная»), а точнее его народная, обиходная форма Маланя.

Имена матери в качестве основы для фамилии — не редкость в украинской традиции. Если отец по каким-то причинам был мало известен в округе или рано ушёл из семьи, детей могли записывать по матери. Так Маланюк — один из тех случаев, когда фамилия хранит память о конкретной женщине, Малане, которая дала имя целому роду.

Встречаются и другие версии. Например, что корень здесь — прилагательное «малый» (уменьшительное «маланюк» как «малыш»). Тогда фамилия могла закрепиться за человеком невысокого роста. Эта версия имеет право на существование, но проигрывает первой: прозвища по росту чаще давали в форме прилагательного или прямой характеристики (Малый, Малыш), а не через суффикс -ук. Есть и редкая гипотеза, связывающая фамилию с украинским словом «мала» — орудием для выравнивания орошаемой земли. В этом случае Маланюк мог быть сыном земледельца, работавшего с таким инструментом. Однако слово «мала» узкотерриториальное и редко становилось основой для прозвища.

Наиболее убедительной остаётся версия от имени Маланя. Она объясняет и форму фамилии, и её широкое бытование именно на Украине, где женские имена в основе фамилий — обычное дело. Фамилия Маланюк встречается в западных и центральных областях Украины, а также среди украинской диаспоры.