Фамилия Маланий — редкий пример русской фамилии, образованной от личного имени напрямую, без патронимического суффикса. В большинстве случаев русские фамилии на -ов, -ев, -ин указывают на принадлежность («чей?» — сын Малана). Здесь же перед нами, скорее всего, форма родительного или именительного падежа, застывшая в качестве фамильного прозвания. Такая модель встречается у фамилий украинского или южнорусского происхождения (сравните: Гуляй, Нечай, Плаксий), но Маланий может быть и результатом поздней фиксации прозвища в документах.

В основе лежит каноническое имя Маланий. В святцах оно встречается в мужской форме (Маланий, от греческого «мелас» — чёрный, тёмный) и в женской (Малания, от того же корня). В народной среде имя часто упрощалось до Малан, Маланя. Поскольку фамилия стоит в форме «Маланий», а не «Маланов» или «Маланин», можно предположить, что её носитель — потомок человека, которого в переписи или ревизской сказке записали просто по имени, без отчества, или же прозвище закрепилось за главой семьи в виде «Маланий» (как «Иван», «Пётр»).

Географически фамилия тяготеет к регионам, где было распространено имя Маланий: это юг России, Украина, а также старообрядческие общины, где имя сохранялось дольше. Встречается она крайне редко — по открытым данным, в России насчитывается не более нескольких десятков носителей. Основные очаги — Ростовская область, Краснодарский край и некоторые районы Сибири, куда переселенцы принесли фамилию в XIX веке.

С точки зрения словообразования, фамилия Маланий стоит в одном ряду с такими редкими формами, как Лазарь, Назарий, Сидор. Все они — архаичные варианты, где имя стало фамилией без перестройки. Это говорит о том, что предок носителя, вероятно, был крестьянином или казаком, а фамилию ему дали по имени отца или по личному прозвищу, которое в документах записали «как слышалось». В отличие от массовых фамилий на -ов, здесь нет указания на родственную связь через суффикс — фамилия как бы «заморожена» в именительном падеже, что делает её особенно ценной для историков ономастики.