Фамилия Маланин образована от прозвища, а не от церковного имени. В основе лежит ласкательное обращение к младшему или невысокому члену семьи — Маланя. Это уменьшительная форма от слов «малый», «малец», «малыш», которые в русских деревнях часто заменяли имя ребёнку, пока он не подрастёт. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Маланин, то есть сын или потомок Малани. Такой способ словообразования — один из самых древних в русской ономастике, он фиксирует не официальное имя, а бытовое прозвище, которое давали в кругу домашних.

Версия о связи с крестильными именами Малахий (от древнееврейского «посланник») или Меланья (от греческого «чёрная, тёмная») менее вероятна. Эти имена в народе действительно могли сокращать до Малани, но для фамилии Маланин нет устойчивой документальной традиции, связывающей её именно с церковными святцами. Гораздо чаще русские фамилии на -ин образовывались от прозвищ, описывающих внешность, возраст или характер, а не от редких календарных форм. К тому же имя Меланья давало фамилию Меланьин, а не Маланин — разница в корневой гласной здесь принципиальна.

Географически фамилия Маланин тяготеет к северным и центральным областям России — Архангельской, Вологодской, Костромской, Нижегородской. Именно там крестьянские прозвища дольше сохранялись в документах и переходили в фамилии без вмешательства церковной администрации. В этих регионах слово «маланя» могло означать не только «малыш», но и вообще младшего по возрасту или положению работника в большой семье.

Фамилия зафиксирована в переписных книгах XVII–XVIII веков, но точную дату и место первого упоминания назвать сложно: массовое закрепление фамилий у крестьян завершилось только после отмены крепостного права. До этого Маланины могли писаться по отцу, по деду или вовсе без фамилии, а в ревизских сказках их записывали как «Маланя Фёдоров сын». Поэтому современная фамилия — результат позднего, но естественного закрепления древнего прозвища, которое когда-то дали самому младшему в роду.