Фамилия Маланиченко образована от имени Маланья (каноническая форма Мелания), которое пришло на Русь из греческого языка через церковную традицию. В основе лежит греческое слово «мелас» — «чёрный», «тёмный». Имя Мелания носила раннехристианская святая, почитаемая как покровительница рожениц, и на Руси оно было широко распространено в простонародной форме Маланья. Суффикс -енко характерен для украинской и отчасти южнорусской фамильной модели, где он указывает на происхождение по отцу: Маланиченко — буквально «сын Малании», то есть потомок человека, которого в быту называли по матери (или по жене) Маланией.

Интересная особенность этой фамилии — её связь с народной культурой. В русских говорах имя Маланья стало нарицательным: «маланья» — так называли хлопотливую, суетливую хозяйку, а поговорка «на Маланьину свадьбу» означала шумное, обильное застолье. Поэтому предок, получивший прозвище Маланя, мог быть не обязательно сыном женщины с таким именем, но и человеком, которого окружающие сравнивали с этим фольклорным образом — суетливым, гостеприимным или любящим пышные праздники. Вторая версия, менее вероятная, но возможная: фамилия могла возникнуть от канонического имени Меланий (мужская форма), которое тоже встречалось в святцах, хотя и реже.

Географически фамилия Маланиченко тяготеет к левобережной Украине и южным областям России (Курская, Белгородская, Воронежская области), где суффикс -енко особенно активен. В дореволюционных переписях носители фамилии чаще всего числились крестьянами и казаками. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые закрепились в центральных великорусских губерниях, Маланиченко сохраняет более позднюю, «малороссийскую» модель образования, что указывает на формирование фамилии в XVII–XVIII веках, когда массово закреплялись прозвищные именования в среде украинского казачества и сельского населения.

Словообразовательный разбор прост: корень Малан(ич)- + суффикс -енко. Вариант написания с одной «н» (Маланиченко) — нормативное, хотя изредка встречается двойное «н» под влиянием книжного варианта имени (Маланиченко). Родственные фамилии — Маланчук, Маланин, Маланов — отличаются суффиксами, но восходят к той же основе.