Фамилия Маленецкий — один из тех случаев, когда внешнее сходство с географическими фамилиями на -ский может ввести в заблуждение. Вопреки ожиданию, её основа — не название населённого пункта (хотя и такая версия существует), а прозвище или уменьшительное имя.

Самый очевидный и распространённый путь образования — от корня «мал-». В основе лежит прилагательное «малый» или производное от него слово. Учитывая суффикс -ец, который в восточнославянских фамилиях часто указывает на принадлежность к чему-то (как «кузнец» — тот, кто куёт), Маленецкий могло означать «сын Малого» или «человек, связанный с Маленцом». Само слово «Маленец» — это, скорее всего, прозвище. В русских говорах так могли назвать невысокого человека, младшего в семье, а иногда и просто как ласковое обращение к ребёнку. Так что первый носитель фамилии мог быть просто «маленьким» — по росту или по возрасту.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — топонимическая. Фамилию могли получить выходцы из деревни или хутора с названием Маленец, Маленцы или Маленево. Такие названия встречаются на западе России, в Беларуси и на Украине, и образованы они от того же корня «мал-» (например, «малый хутор»). Однако суффикс -ецкий в русской ономастике для «географических» фамилий менее типичен, чем -ский/-цкий. Обычно говорят «Маленский», а не «Маленецкий». Форма с -ец- скорее указывает на прозвищное происхождение.

Словообразовательная модель здесь нестандартна. Суффикс -ец- в фамилиях на -ский встречается редко. Он мог появиться как вариант отчества: если отца звали Мал (или Мален), то его сына в быту могли называть Маленец, а потом, при оформлении фамилии по польско-украинской или шляхетской моде, добавили типичное окончание -ский. Это делает фамилию Маленецкий интересным гибридом: основа — исконно русское прозвище, а оформление — под влиянием западнорусских или польских фамильных традиций.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Российской империи: Беларусь, Украина, западные области России. Встречается она нечасто, что подтверждает её локальный характер. Среди носителей нет широко известных исторических деятелей, что типично для фамилий, возникших в крестьянской или мещанской среде. Таким образом, предки Маленецких, скорее всего, были людьми незнатного происхождения, получившими фамилию по характерной черте — малому росту или младшему положению в роду.