Фамилия Малеткин — редкий случай, когда прозвище сохранило уменьшительно-ласкательную форму, а не превратилось в привычное отчество. Её основа — не крестильное имя, а, скорее всего, уличное прозвище Малетка. Так в русских говорах, особенно на севере и в Сибири, называли маленького, невысокого человека или младшего ребёнка в семье. Суффикс -к- здесь не фамильный, а исходный, прозвищный: Малетка — тот же «малыш», «малец», но с оттенком ласки или пренебрежения.

Фамилия образована по архаичной модели: к основе Малетк- добавили притяжательный суффикс -ин, означающий «чей?» — «сын Малетки». В этом её отличие от более частых фамилий на -ов/-ев: суффикс -ин в русской ономастике чаще закреплялся за основами, оканчивающимися на -а/-я. Поэтому Малеткин стоит в одном ряду с фамилиями вроде Сысоев (от Сысой) — но там другая флексия, а здесь чистая «материнская» или прозвищная модель.

По говорам слово «малетка» фиксируется в архангельских и вологодских диалектах, так что географически фамилия тяготеет к Русскому Северу. Встречается она нечасто — по данным открытых баз, в основном в центральной России и Поволжье, но с явным северным следом. Дворянской или купеческой эта фамилия не была: это крестьянская или посадская по происхождению, образованная от бытового прозвища, которое давали по внешнему признаку.

Версия о происхождении от личного имени Мал (краткая форма от Малафей или Малах) менее вероятна: тогда бы фамилия звучала как Малин или Малов. Слово «малётка» в значении «маленький человек» встречается и в украинском языке, но фамилия Малеткин — однозначно русская по суффиксу. В редких случаях написание могли путать с Малёткин (через ё), но ударение в обоих вариантах падает на второй слог.