Фамилия Малейкины образована от мирского имени Малейка — старинного, сегодня уже редкого имени, родственного прилагательному «малый». В крестьянском быту ребёнка могли назвать просто Малой, Малец или Малей, закрепив за ним прозвище по возрасту или росту. Со временем отчество от этого имени — Малейкин — застыло в родовом прозвании.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: суффикс -ин указывает на принадлежность «чей?» — сын Малейки. Такая модель характерна для большинства русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а/-я.

В ономастике фамилия Малейкин (и её варианты Малейкины) относится к группе «малых» фамилий — то есть образованных от корня со значением «маленький, младший». Сюда же примыкают Малыхин, Мальцев, Малютин, Малеев. Разница в суффиксах и окончаниях часто зависела от местного говора: в северных и центральных регионах России было больше форм на -ин, на юге и западе — на -ов/-ев.

Точное место и время возникновения фамилии Малейкины установить трудно: процесс становления родовых имён шёл несколько столетий, и одно и то же прозвище могло независимо появиться в разных губерниях. Однако сама основа — имя Малейка — фиксируется в старых документах и переписях, что позволяет считать фамилию органичной частью славянской антропонимии.