Фамилия Малейкова образована по самой распространённой в русской ономастике модели — от мужской формы Малейков через притяжательный суффикс -ов, который в женском роде принимает окончание -а. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Мале́йкова, хотя в ряде говоров возможно смещение на окончание.

В основе фамилии лежит прозвище или неканоническое имя Малейко. Это слово имеет два основных объяснения. Первое и самое вероятное: уменьшительная форма от прилагательного «малый» (с суффиксом -ейк-). Малейко — «маленький», «младший» (по возрасту или росту). В старых русских говорах «малей» означало «меньший», «самый малый», так могли назвать младшего сына в семье или невысокого человека. Второе, менее распространённое объяснение: связь с диалектным глаголом «мале́ть» — становиться меньше, убывать. В этом случае прозвище могло закрепиться за человеком, который «сдал» ростом или здоровьем, но это уже домыслы.

Суффикс -ейк- в основе — редкая деталь. Обычно уменьшительные имена от «малый» образовывались через суффиксы -к- (Малка), -уш- (Малуша) или -ют- (Малюта). Форма на -ейко типична для западнорусских и белорусских земель, откуда фамилия могла прийти в великорусские области. Сравните с фамилиями Малейченко, Малей, Малейкин — они все из одного гнезда, но Малейкова выделяется именно этим суффиксом, который в русской среде встречается реже, чем на Украине или в Белоруссии.

Социальный статус первых носителей, скорее всего, был крестьянским или мещанским. Фамилия недворянская, без «-ский» окончания, и её основа — бытовое прозвище, а не церковное имя. В ревизских сказках и метриках XIX века Малейковы встречаются в центральных губерниях России, но заметной географической привязки к одному уезду нет. Это говорит о том, что фамилия возникала в разных местах независимо — везде, где жил человек по прозвищу Малейко.