Основой фамилии Малейкин послужило мирское имя Малейка. Малейка — старинное редкое имя того же корня, что прилагательное «малый». В прошлом в семьях ребенка часто называли просто Малой, Малец или Малей. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Малейка, со временем получил фамилию Малейкин.