Фамилия Малейкин образована от старинного мирского имени Малейка. В прошлом в семьях ребёнка могли назвать просто Малой, Малец или Малей — все эти имена одного корня с прилагательным «малый». Такой способ именования был распространён на Руси: нецерковное имя давали младенцу либо по внешнему признаку (маленький, младший), либо как ласковое прозвище, которое затем закреплялось в документах. Потомок человека по имени Малейка со временем получал фамилию Малейкин: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Малейки).

Интересно, что имя Малейка — редкое даже для своего времени. В переписных книгах и актах XVI–XVII веков чаще встречаются формы Малой или Малец, а уменьшительное Малейка оставалось локальным, возможно, характерным для северных или центральных уездов. По этой причине фамилия Малейкин встречается не так широко, как, скажем, Малых или Малов, хотя корень у них общий.

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: основа (мирское имя Малейка) плюс притяжательный суффикс -ин. Если бы в основе лежало прозвище на -ей (например, Малей), фамилия могла бы звучать как Малеев, но форма Малейкин прямо указывает на имя с суффиксом -к(а), который придавал ласкательный или уменьшительный оттенок. Так что по фамилии можно восстановить, как в семье называли предка — не просто «малый», а именно Малейка, «маленький, любимый».

Никаких надёжных сведений о сословной принадлежности первых Малейкиных нет — фамилия могла возникнуть и у крестьянина, и у посадского человека. Спорных версий происхождения у неё немного: некоторые любители народной этимологии пытаются связать её с «малейший» или даже с тюркским корнем, но это натяжки. Правдоподобнее всего — славянское мирское имя от прилагательного «малый», что подтверждается и структурой фамилии, и историей русских имён.