Фамилия Малейко — яркий пример того, как семейное прозвище или домашнее имя, данное в детстве, закрепилось в официальном родовом имени. В её основе лежит мирское имя Малей, которое в старину было распространено в русских и белорусских семьях. Маленького ребенка ласково называли Мальцом, Малютой, Малышом или Малеем, и это имя нередко оставалось за человеком на всю жизнь, вытесняя крестильное. Со временем оно перешло в фамилию.

По другой, не менее правдоподобной версии, прозвище Малей могли дать взрослому человеку за невысокий рост — то есть по той же примете, что и фамилии Малеев, Малышко, Малютин. Словообразовательный суффикс -ко в фамилии Малейко типичен для украинской и белорусской ономастики: он указывал на принадлежность или родство, отвечая на вопрос «чей?» или «чьих будете?». Таким образом, Малейко — это «сын (или потомок) Малея».

Фамилия бытует преимущественно на западе современной России, в Беларуси и на востоке Украины — в тех регионах, где была сильна традиция мирских имён и где суффикс -ко активно участвовал в образовании фамилий. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые закрепились в документах Московского государства, Малейко сохранила более архаичную, «домашнюю» форму, что говорит о её происхождении в среде крестьян или мещан, а не служилого сословия.

Интересно, что в основе фамилии лежит тот же корень, что и в словах «малый», «малец», но с чередованием, характерным для древнерусских уменьшительных форм. Встречаются однокоренные фамилии: Малеев, Малейкин, Малюк, Малюга. Все они восходят к одному смысловому гнезду, но различаются суффиксами, которые указывают на регион или эпоху возникновения.