Фамилия Манейко звучит на белорусский или украинский лад и образована по одной из самых распространённых в этих землях моделей. Суффикс -ко (в белорусском варианте часто -ка) — типичный уменьшительный или принадлежный показатель. Он присоединялся к основе, которая указывала на отца, занятие или характерную черту. В случае с Манейко основа, скорее всего, — Маня. Это не самостоятельное имя, а народная, домашняя форма от канонического имени Матвей или, реже, от Мануил (церковное Еммануил). В быту Матвея могли звать Маней, Манейкой, отсюда и фамилия Манейко — буквально «сын Мани», то есть Матвеев.

Есть и вторая, менее очевидная версия, связанная с прозвищем. В некоторых говорах «маня» означало не только имя, но и нечто манящее, завлекающее, либо, напротив, медлительного, вялого человека (от глагола «манить» в значении «медлить, тянуть»). Однако в ономастике надёжнее связывать фамилию с личным именем: прозвищная версия возможна, но менее вероятна, так как фамилий на -ейко от имён в Беларуси и на западе Украины огромное множество (Тимофейко, Андрейко, Михейко).

Географически фамилия Манейко чаще всего встречается в западных областях Беларуси (Гродненская, Брестская) и в соседних районах Польши, где исторически жило белорусское и украинское население. В России она редка и, как правило, имеет тех же западных корней. Сословно предки Манейко с большой вероятностью относились к крестьянам или мещанам — фамилии с таким суффиксом в XVI–XVII веках закреплялись в основном за простыми людьми, а не за шляхтой, у которой предпочитали окончания -ский/-цкий.

Если сопоставить Манейко с однокоренными фамилиями, бросается в глаза, что на той же основе возникли Манеев (русская форма, через суффикс -ев) и Манько (с упрощённым суффиксом). Манейко выделяется именно полным белорусским окончанием -ейко, которое сохраняет мягкость основы и указывает на регион происхождения. Таким образом, носитель фамилии Манейко может с большой уверенностью считать, что его предок жил на западе Беларуси или в приграничье, а его родовое имя пошло от личного имени Матвей.