Фамилия Манейкина происходит от прозвища или имени Манейка. Самая конкретная версия связывает её с нарицательным «манейка» — так в Восточной Сибири называли стеклянное ожерелье, которое носили местные народы. Если это так, то прозвище Манейка мог получить человек, который делал или продавал такие украшения. Слово это редкое, и фамилия, образованная от него, сразу указывает на возможное ремесло предка — изготовление или торговлю стеклянными бусами и ожерельями.

Есть и другая версия: Манейка — это уменьшительная форма от имени Мануил (или Иммануил), что с древнееврейского переводится как «с нами Бог». В быту имя Мануил часто сокращали до Мани, Манейка, и такое домашнее именование могло закрепиться за человеком и перейти в фамилию. Обе версии имеют право на существование, но первая — с ремеслом — выглядит более характерной, поскольку прозвища по профессии давали чаще, чем уменьшительные формы редких имён.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Манейкин — значит «сын Манейки», «из семьи Манейки». Фамилия эта недворянская, скорее всего, её носили люди из простого сословия, где прозвище или домашнее имя было основным способом идентификации. Со временем оно закрепилось как родовое.