Фамилия Манейкин происходит от прозвища или имени Манейка. В основе лежит слово «манейка» — так в Восточной Сибири называли стеклянное ожерелье, которое носили местные народы. Скорее всего, прозвище Манейка получил человек, который делал или продавал такие украшения. Фамилия образована по самой распространённой русской модели: к основе Манейк- добавился суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Манейкин, то есть сын или потомок Манейки).

Суффикс -ин в этой фамилии типичен для прозвищ и имён, оканчивающихся на -а или -я. Таких фамилий в России много: Пушкин, Ильин, Кузьмин. Манейкин стоит в одном ряду с ними.

Есть и другая версия. Манейка могла быть уменьшительной формой крестильного имени Мануил (в русской традиции — Иммануил). В переводе с древнееврейского оно означает «с нами Бог». Полные формы этого имени в народе переделывали на свой лад, и Манейка — один из таких вариантов. В этом случае фамилия не связана с ремеслом, а просто закрепилась за потомками человека по имени Манейка.

Обе версии правдоподобны, но первая — с прозвищем от украшения — даёт более конкретную и редкую картину. Фамилий, образованных от названий предметов быта или украшений, немного, и Манейкин среди них выделяется. Вторая версия, хоть и возможна, менее оригинальна: таких фамилий от уменьшительных форм имён — десятки тысяч.

Фамилия довольно редкая. Встречается в основном в центральных и северных областях России, но точной географии без специальных подсчётов не определить. Известных исторических личностей с этой фамилией нет, поэтому о сословной принадлежности первых носителей судить трудно: среди Манейкиных могли быть и крестьяне, и ремесленники, и купцы.