Фамилия Мальгачева — женская форма фамилии Мальгачев, и чтобы понять её происхождение, нужно разобраться с мужским вариантом. Это типичная русская фамилия, образованная с помощью патронимического суффикса -ев, который присоединяли к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или шипящий. В данном случае основа — Мальгач.

Самое сложное и интересное — корень «Мальгач». Скорее всего, это прозвище, а не крестильное имя. В русских говорах слово «мальга» или «мальгач» могло иметь несколько значений. По одной версии, так называли человека небольшого роста, «малого», «малька». Наличие суффикса -ач указывает на активный признак: мальгач — это тот, кто мал, возможно, юркий или недоросший. По другой, менее распространённой версии, «мальгач» — это вариант слова «мальга» в значении «вялый, медлительный человек» (от глагола «мальгать» — медлить, мешкать). Третья версия связывает прозвище с диалектным «мальга» — «рыболовная снасть», тогда прозвище мог получить рыбак, но эта гипотеза слабее: суффикс -ач чаще образует названия людей по характерному действию или свойству, а не по орудию труда.

Таким образом, основатель рода Мальгачевых, скорее всего, получил прозвище Мальгач за свой невысокий рост или, что правдоподобнее, за неторопливый, медлительный характер. Фамилия относительно редкая; её география не привязана к одной области, но чаще встречается в регионах, где сохранялись северные и сибирские говоры (например, в Архангельской, Вологодской областях, а также в Сибири). Это подсказывает, что предки могли быть выходцами из Поморья или переселенцами за Урал. В отличие от фамилий на -ов/-ев от церковных имён (Иванов, Петров), Мальгачев — яркий пример «мирской» фамилии, закрепившей за родом бытовое прозвище, которое дали человеку соседи.