Фамилия Малгараева — довольно редкая, и её происхождение напрямую связано с географией и национальной средой. Скорее всего, она имеет тюркские или кавказские корни, что подтверждается характерной моделью образования. Основа «Малгара» или «Малгар» — это, вероятно, вариант личного имени или прозвища. В тюркских языках «мал» означает «скот», «имущество», «богатство», а «кара» — «черный» или «смотрящий». Таким образом, «Малгара» могло быть прозвищем человека, который следит за скотом (пастуха) или, в переносном смысле, «черного богача» (ироничное именование зажиточного человека).

Суффикс «-ев» (в женской форме «-а») указывает на русскую патронимическую модель, которая была перенесена на нерусские фамилии при их оформлении в документах Российской империи. Это типичная ситуация для многих народов Поволжья, Урала и Северного Кавказа: татар, башкир, кумыков, ногайцев. Фамилия могла возникнуть в среде, где в XIX–XX веках активно шла русификация именований: к местному имени добавляли русское окончание, и «Малгара» превращалось в «Малгаров» (а затем и в женский вариант «Малгараева»).

Встречается и другая версия, менее вероятная, но не исключенная: связь с монгольским или калмыцким словом «малгар» (шлем, головной убор). В таком случае фамилия могла относиться к мастеру, делавшему шлемы, или к воину, носившему характерный убор. Однако из-за широкого распространения скотоводческой лексики в тюркских языках первая версия — с «мал» и «кара» — выглядит убедительнее.

Поскольку фамилия не является массовой, судить о социальном слое её первых носителей сложно. Скорее всего, это были крестьяне или скотоводы из национальных окраин, чьи имена позже были записаны в метрических книгах или ревизских сказках именно в такой «обрусевшей» форме. В современной России носители фамилии Малгараева встречаются преимущественно в регионах Северного Кавказа (особенно в Дагестане и Чечне), а также среди татар и башкир, что подтверждает её региональную привязку.