Фамилия Малгонусова — редкий случай, когда основа настолько тёмная, что даже опытный ономаст не даст одного ответа. Первое, что бросается в глаза: суффикс -ов- указывает на типичную русскую модель образования от мужской фамилии Малгонус (через притяжательное прилагательное). Женская форма Малгонусова — это, скорее всего, позднее закрепление в документах, когда жену или дочь записывали по мужу или отцу. Но что скрывается за корнем «Малгонус»?

Самая вероятная версия — искусственное происхождение. В XVIII–XIX веках в духовных училищах и семинариях ученикам нередко давали фамилии, составленные из латинских или греческих элементов, чтобы звучало «учёно». «Малгонус» могло возникнуть как соединение латинского «malus» (плохой, злой) и, возможно, греческого «gonos» (род, потомство) или искажённого «gigno» (рождать). Получается что-то вроде «злого рода» — прозвище, которое могли дать студенту с тяжёлым характером или, наоборот, как шутливое предохранительное имя. В семинарской среде любили такие мрачные, но книжные конструкции.

Вторая гипотеза — адаптация иноязычной фамилии. Если предки были из регионов с тюркским или кавказским влиянием, «Малгонус» могло быть русифицированной формой. Например, от тюркского «мал» (скот, имущество) и «гонус» (гость) — «гость со скотом», то есть зажиточный пришелец. Но это натяжка: сочетание нехарактерно для тюркских языков, а окончание -ус скорее выдает латинский след.

Третья, совсем слабая версия — искажение фамилии Малогонов или Малогонусов от прозвища «Малый гон» (быстрый, невысокий человек). Но замена «г» на «гн» и добавление латинского -ус маловероятны в крестьянской среде.

География фамилии почти не изучена. В открытых базах Малгонусова встречается единично, в основном в центральной России и Поволжье, что косвенно подтверждает семинарскую версию: духовные школы там были многочисленны, а фамилии выпускников расходились по приходам. Сословно носители, скорее всего, происходили из духовенства или, реже, из мещан, получивших фамилию при записи в городское сословие.

Единственная деталь, которая выделяет эту фамилию среди сотен других «тёмных» — почти полное отсутствие однокоренных вариантов. Нет ни Малгонусова, ни Малгонусева, ни Малгонусова с другим суффиксом. Это значит, что фамилия не «размножилась» в народе, а осталась узкой, возможно, от одного конкретного рода, который вёл начало от одного человека с книжным прозвищем.