Фамилия Малибошко — редкий пример, где прозвище складывается в почти готовую бытовую сценку. В её основе лежит устойчивое украинское или южнорусское выражение «малий біс» — «маленький бес», «чертёнок». Суффикс -к- и окончание -о типичны для украинских фамилий, образованных от прозвищ (ср. Грибенко, Соловейко). Так что буквально фамилия значит «сын (или потомок) того, кого прозвали Маленьким бесом» или просто «Чертёнок».

Прозвище Малий Біс могли дать человеку за озорной, непоседливый нрав, склонность к шалостям и розыгрышам. В народной культуре чертёнок — фигура скорее комичная, чем страшная, плутоватая, но не злая. В отличие от фамилий с корнем «черт-», здесь уменьшительная форма смягчает смысл: это не проклятие, а скорее шутливое прозвище бойкого парня или хитрого ребёнка.

Географически фамилия тяготеет к западно- и центральноукраинским землям, а также к бывшим казацким территориям. Встречается в основном в Винницкой, Хмельницкой, Житомирской областях. В России — единичные случаи, занесённые миграциями конца XIX — начала XX века.

Вариант написания «Малибошко» (с буквой «о» в корне) — результат адаптации украинского «Малібошко» под русскую орфографию, где «і» перешло в «и», а ударение чаще всего падает на второй слог: Мали́бошко. Встречается также форма «Малибощенко» — с более поздним суффиксом -енко, что указывает на ответвление того же родового гнезда.

В сословном отношении носители фамилии — почти наверняка казаки или крестьяне. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано: слишком «непарадное» прозвище для гербовника.