Фамилия Малиенко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVI–XVII веках распространилась на Левобережной Украине и позже закрепилась как одна из самых узнаваемых. Суффикс -енко буквально означал «сын» или «потомок», поэтому Малиенко — это «сын Малия».

Основа фамилии — прозвище или мирское имя Малий. В украинском языке прилагательное «малий» значит «маленький». Чаще всего такое прозвище давали невысокому, худощавому или младшему члену семьи. В традиционной культуре именование по росту или возрасту было обычной практикой: оно не несло оскорбительного оттенка, а служило удобным бытовым идентификатором.

Есть и вторая версия: Малием могли назвать младшего сына, чтобы отличать его от старших братьев. В некоторых регионах Украины такие «домашние» имена со временем вытесняли крестильные, особенно в документах казацкой старшины и мещан. Со временем прозвище закрепилось за родом, а суффикс -енко оформил его как наследственную фамилию.

Фамилия Малиенко встречается преимущественно в центральных и восточных областях Украины, а также среди потомков переселенцев на Кубани и в Сибири. В русском написании она сохранила украинское окончание, не перейдя в форму Малиев, что нередко случалось с фамилиями на -енко при русификации.

В ономастике фамилии на -енко подробно описал Б. Унбегаун в «Русских фамилиях», отмечая их массовое распространение именно с территории Украины. Малиенко — типичный, но не самый частый представитель этой модели, что делает её интересной для локальных генеалогических поисков.