Фамилия Мальканова — женская форма мужской фамилии Мальканов. В её основе лежит, скорее всего, прозвище или некалендарное имя Малькан. В русской ономастике суффикс -ан- часто указывал на уменьшительно-ласкательную или пренебрежительную форму: Малькан — это либо «маленький, младший» (от малый), либо «тот, кого называют малым» (например, младший сын). Другой вариант — связь с тюркским словом мал (скот, имущество) или с личным именем Малкан, распространённым у народов Кавказа и Поволжья. В таком случае фамилия могла означать «сын Малкана» или «принадлежащий к роду Малканов».

Модель образования простая: к основе Малькан- добавили типичный русский суффикс -ов (в женском роде -ова). Это указывает на то, что фамилия сформировалась в русской среде, скорее всего, в XVI–XVII веках, когда крестьяне и посадские люди массово получали фамилии по имени или прозвищу отца. Географически фамилия Мальканов встречается в Поволжье (особенно в Татарстане и Башкортостане) и на Северном Кавказе, что подтверждает её возможное тюркское или кавказское происхождение. В русских говорах слово малькан могло быть диалектным прозвищем для невысокого человека, но эта версия менее убедительна из-за редкости такой лексемы.

Спорных версий две: первая — от слова «малька» (рыбная молодь), но суффикс -ан- здесь нехарактерен для профессионального прозвища рыбака; вторая — от мужского имени Мал (с добавлением -кан как в имени Иван → Иванка). Правдоподобнее всего тюркская основа, поскольку фамилия сконцентрирована в регионах, где русские переселенцы контактировали с тюркоязычными народами. Предки носителей фамилии могли быть крестьянами или мещанами, а само прозвище Малькан — либо уменьшительным от имени, либо указанием на младшего в семье. Ударение в фамилии обычно падает на второй слог: Малькáнова.