Фамилия Маллагисинов — одна из тех, где внешне тюркская или арабская основа соединилась с русским суффиксом, но при этом не стала массовой. Её разбор сразу даёт ключ к происхождению: корень «Маллагисин» и типичный русский патронимический суффикс «-ов». Последний говорит о том, что фамилию оформили на русской почве, вероятно, в XIX веке, когда крестьянам или инородцам массово присваивали фамилии по отцу.

Основа «Маллагисин» — сложная. Скорее всего, она восходит к двум словам: «Малла» (искажённое «Мулла» — мусульманский священнослужитель, знаток Корана) и «Гисин» — вариант имени Хасан (араб. «красивый», «хороший») или, реже, Гусейн. В тюркских и кавказских языках имя Хасан нередко произносили как «Гасан» или «Гисин», особенно в диалектах. Таким образом, Маллагисин — это «Мулла Хасан», то есть прозвище человека по имени или должности отца. Фамилия означает «потомок (или сын) Муллы Хасана».

Географически фамилия редкая. Её носители — почти исключительно представители народов Дагестана, в первую очередь кумыки или даргинцы. В кумыкской среде имя Малла (Молла) часто давали в знак уважения к религиозному статусу семьи, а двойные имена вроде Малла-Хасан были обычной практикой. Русский суффикс «-ов» добавили при переписях или при получении паспортов в Российской империи, заменив местные окончания.

Словообразовательная модель здесь необычна: не просто имя + суффикс, а целое составное прозвище, которое стало фамилией. Это отличает Маллагисиновых от более простых «Маллаевых» или «Гасановых». Встречаются также варианты написания: Маллагасанов, Малла-Гасанов — они отражают разную передачу звуков на письме. Но форма Маллагисинов закрепилась именно в той записи, которую сделал чиновник, услышав местное произношение: «гисин» вместо «гасан».

Искать в этой фамилии какой-то древний дворянский корень не стоит. Это пример поздней, «канцелярской» фамилизации, когда человека записали по отцовскому прозвищу, не задумываясь о благозвучии. Зато она чётко указывает на социальный статус предка — он был либо муллой, либо человеком, чей отец носил почётное имя Мулла-Хасан.