Фамилия Маллая — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу указывает: перед нами не исконно русская фамилия в классическом понимании, а скорее фамилия, пришедшая из других языков или возникшая как прозвище на стыке культур.

Самый прямой путь к разгадке — географический и этнический. Маллая — это фамилия, которая встречается у народов Кавказа, особенно у адыгов (черкесов) и абхазов. В адыгском языке слово «мал» означает «скот», а суффикс -ая (или -ай) часто образует прилагательные или указывает на принадлежность. Таким образом, Маллая может означать «скотный», «пастуший» или «относящийся к скоту». Предок носителя такой фамилии мог быть скотоводом, пастухом или владельцем крупного стада. Вторая версия, менее вероятная, но возможная: связь с тюркским словом «мал» (имущество, богатство). В таком случае фамилия могла указывать на зажиточного человека, имевшего много скота как главного мерила достатка в кочевой или полукочевой культуре.

Однако есть и другой пласт — индийский. «Маллая» (Malaya) — это название одного из дравидийских языков (малаялам) и региона Малабар на юго-западе Индии. В этом контексте фамилия могла быть дана человеку родом оттуда или тому, кто торговал с теми землями. Но для русской ономастики такая версия экзотична и правдоподобна лишь для очень узкого круга семей, например, потомков купцов, имевших дела с Индией, или выходцев из диаспоры.

С точки зрения словообразования, если рассматривать фамилию как русскую по форме, то окончание -ая характерно для субстантивированных прилагательных женского рода (типа «Малая», «Белая»). Но здесь основа «Малл» — не русская. В русских говорах слово «малый» писалось с одним «л», двойное «лл» — явный признак иноязычного корня. Поэтому наиболее вероятно, что фамилия Маллая — это русифицированная запись адыгской или тюркской фамилии, которую при переписи населения или в документах записали на слух, с характерным для русского языка окончанием.

Встречается фамилия в основном в Краснодарском крае, Адыгее, Кабардино-Балкарии, а также среди потомков кавказских мухаджиров, оказавшихся в Турции и на Ближнем Востоке. В центральной России она единична. Сословно предки носителя фамилии, скорее всего, были крестьянами или горцами-скотоводами, не принадлежавшими к дворянству — для знатных кавказских фамилий характерны другие форманты (например, -бай, -оглы).