Фамилия Маллюкин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. С первого взгляда она кажется типичной «маленькой» фамилией от слова «малый», но морфология подсказывает иной путь. Суффикс -юх- (в основе Маллюк-) нехарактерен для русских прозвищ от прилагательного «малый»: обычно мы видим Малыхин, Малютин, Малеев. -Юх- — более типичный суффикс для украинских или белорусских фамилий, где он образует ласкательные или пренебрежительные формы от имён. Поэтому Маллюкин, скорее всего, не от «маленький», а от личного имени Мал (сокращённого от Малх, Малфей или славянского Мал, Малой) с добавлением украинского суффикса -юк-, который затем обрусел через -ин.

В основе лежит имя или прозвище Маллюк (Малёк, Малюк). В восточнославянской традиции «малюк» — это ребёнок, малыш, но также и прозвище для младшего сына в семье или человека невысокого роста. Фамилия Маллюкин могла закрепиться за потомками человека, которого в округе звали Маллюком — либо за малорослость, либо за то, что он был самым младшим среди братьев. Вариант с -ин указывает на то, что носитель — «чей-то»: Маллюкин сын, человек из рода Маллюка.

Географически фамилия тяготеет к юго-западным регионам России и к Беларуси. В писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются формы Малюков, Малюкин, но написание с двойным «л» и через «ю» — Маллюкин — фиксируется позже и редко, что говорит о возможном искажении при записи или о локальном говоре. Сословной привязки нет: Маллюкиными могли быть и крестьяне, и мещане, и казаки, так как прозвище бытовое, не связанное с ремеслом или должностью.

Спорный момент: некоторые любители этимологии пытаются вывести Маллюкина от тюркского слова «мал» (скот, имущество) с суффиксом -юк, но для русской фамилии это натяжка — слишком много допущений. Правдоподобнее славянская версия с уменьшительным именем. Сегодня фамилия Маллюкин крайне редка, её носители живут в основном в центральной России и на юге Урала, что подтверждает версию о переселении из западных губерний.