Фамилия Малюкин образована от мирского имени Малюка. В основе лежит украинское слово «малюк» — «маленький ребёнок». Таким именем на Руси обычно нарекали младшего сына в семье, и оно стояло в одном ряду с другими «детскими» именами: Малюша, Малой, Малец. Фамилия построена по простой и распространённой модели: к основе Малюк- добавился патронимический суффикс -ин, который указывает на принадлежность («чей?» — Малюкин, то есть сын Малюки).

Существует и другая версия: фамилия могла произойти от прозвища, данного взрослому человеку за маленький рост. Однако она менее правдоподобна. Дело в том, что в русской ономастике прозвища по внешности реже закреплялись в форме с суффиксом -ин, чем мирские имена, которые изначально воспринимались как внутрисемейные.

Фамилия Малюкин — редкая по сравнению с однокоренными Малюков или Малюгин. Встречается она преимущественно в центральных областях России, что характерно для фамилий на -ин, возникших в зоне распространения полных притяжательных прилагательных. В словарях фамилий, например у Б. Унбегауна, модель на -ин от основ на -а считается типичной для северных и центральных регионов, что косвенно подтверждает географию фамилии.

Таким образом, предок современных Малюкиных с большой вероятностью был младшим ребёнком в семье, которого домашние звали Малюкой. С течением времени это домашнее имя закрепилось за его потомками как фамильное.