Основой фамилии Малюкин послужило мирское имя Малюка. Фамилия Малюкин образована от мирского имени Малюка. Оно восходит к украинскому «малюк», что означает «маленький ребёнок». Как правило, имена типа Малюк, Малюша, Малой, Малец получал младший ребёнок в семье. Согласно другой, менее правдоподобной гипотезе, фамилия Малюкин образовалась от прозвища, указывающего на внешние признаки человека – маленький рост. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Малюка, со временем получил фамилию Малюкин.