Фамилия Малихин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей — от личного имени или прозвища с помощью суффикса -ин, указывающего на принадлежность: «чей?» — Малихин, то есть сын или потомок Малихи. Основа здесь — Малиха. Это не полное календарное имя, а обиходная, уменьшительно-ласкательная или уничижительная форма от крестильного имени. Чаще всего за Малихой стоит имя Малахия (древнееврейское «посланник Бога»), которое в народной речи сокращалось и переделывалось: Малах → Малиха. В говорах звук «а» после мягкого согласного мог переходить в «и», отсюда форма Малиха вместо ожидаемой Малаха.

Но есть и другая, не менее вероятная версия. В русских диалектах слово «малиха» (или «малёха», «малюха») означало нечто маленькое, незначительное. Так могли прозвать низкорослого человека, младшего в семье или просто того, кто казался окружающим «маленьким» по статусу или внешности. Суффикс -их- в прозвище Малиха — характерный севернорусский и сибирский признак, свойственный фамилиям на -их и -ых (Малых, Малихин). Однако здесь он застыл в основе, а фамилия получила стандартный «московский» суффикс -ин, что говорит о смешении диалектных традиций.

В писцовых книгах XVI–XVII веков фамилия встречается в разных регионах, но особенно часто — в северных уездах и на Вятке. Например, в переписи 1629 года по Устюжскому уезду упоминается крестьянин Малиха Федоров. Это подтверждает, что прозвище бытовало в крестьянской среде, а фамилия закрепилась как патроним. Редкость фамилии Малихин (сегодня её носят около полутора тысяч человек в России, преимущественно в Кировской и Пермской областях) объясняется тем, что основа не вошла в общерусский именник, а осталась локальным диалектным вариантом.

Интересная деталь: фамилия Малихин легко путается с более частой Малыгин или Малинин, но её корень не связан с малиной (ягодой) — это народнопрозвищная форма, а не «растительная» фамилия. Если ваш предок носил такую фамилию, он, скорее всего, был выходцем из северных или вятских крестьян, а его дальний предок получил прозвище либо по библейскому имени, либо по росту — и в обоих случаях это характерный след русской деревенской ономастики XVII века.