Фамилия Малюкина образована от мирского имени Малюка. В старину так называли младшего ребёнка в семье: слово «малюк» в украинском языке как раз и значит «маленький ребёнок». К этой же смысловой группе относятся имена Малюша, Малой, Малец — все они указывали на возраст или положение в семье, а не на рост. Поэтому версия, что фамилия произошла от прозвища за маленький рост, менее правдоподобна: в основе лежит не внешность, а порядок рождения.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Малюкина — буквально «дочь или жена Малюки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а. В ономастических трудах, например у Б. Унбегауна, подобные формы разбираются как патронимы, закрепившиеся в качестве родового имени.

Встречается фамилия Малюкина преимущественно в центральных и южных регионах России, где были сильны украинские говоры. В писцовых книгах XVII века можно найти упоминания крестьян с именем Малюка, но точная географическая привязка требует отдельного поиска по конкретным уездам.