Фамилия Малинина — одна из тех, что образованы напрямую от прозвища, а не от крестильного имени или профессии. В основе лежит слово «малина» — всем известная ягода. На первый взгляд кажется, что прозвище Малина могли дать за любовь к этой ягоде или, например, за румянец, похожий на цвет ягоды. Но в народной традиции был и другой, более глубокий смысл. Давая ребёнку «растительное» прозвище вроде Малина, родители как бы поручали его природе: считалось, что так к малышу перейдут жизненные силы и полезные качества, которыми наделён представитель флоры. Вполне возможно, что для кого-то это было просто ласковое домашнее обращение, которое со временем закрепилось.

Фамилия Малинина — женская форма, а мужская, соответственно, Малинин. Обе принадлежат к самому распространённому типу русских фамилий на -ин. Такая модель образования указывает на принадлежность: «чей?» — «Малинин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Малина. Суффикс -ин присоединялся к основам, оканчивающимся на -а или -я, что и произошло в данном случае.

Стоит различать фамилию Малинина и фамилию Малинина с ударением на второй слог (от мужского имени Ма́лина, которое является уменьшительной формой от таких имён, как Мал, Малой). Но в большинстве случаев, особенно в центральной России, фамилия происходит именно от ягоды.

Процесс формирования фамилий был длительным, и без генеалогических исследований нельзя точно сказать, в каком именно регионе и веке прозвище Малина впервые стало наследственным. Однако сама фамилия — яркий памятник народной культуры, где мир растений и мир человека были тесно связаны. Потомок человека с прозвищем Малина со временем получил фамилию, которая звучит и сейчас, напоминая о тех временах, когда имя могло быть простым и образным.