Фамилия Малинова — женская форма от Малинов, а та, в свою очередь, образована от прозвища Малин. В основе лежит название всем известной ягоды, но прямое ботаническое значение здесь не главное. В старину «малиной» называли красивую девушку, а «малином» — статного, видного молодого человека. Скорее всего, прозвище Малин получал человек, любивший принарядиться, щеголь, либо просто обладавший яркой внешностью.

Прозвище это довольно старое. Академик С.Б. Веселовский в «Ономастиконе» упоминает новгородского крестьянина Малина, запись о котором датируется 1498 годом. Это говорит о том, что прозвище бытовало в северных землях уже в XV веке.

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Малин- добавился суффикс -ов-, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Малина). В женском варианте фамилия получила окончание -а. По такой же схеме образованы десятки тысяч русских фамилий, но в данном случае основа не церковное имя, а народное прозвище.

Встречается также фамилия Малинин — она образована по другой модели, с суффиксом -ин, от той же основы. Малинова же указывает на прямую родовую связь с конкретным человеком по прозвищу Малин. Сословной принадлежности у фамилии нет: прозвище могло закрепиться и за крестьянином, и за посадским человеком.