Фамилия Малынова образована от прозвища или мирского имени Малый, Малын. Основа здесь — древнерусское прилагательное «малый» в значении «невысокий, небольшой, младший». Чаще всего такое прозвище давали младшему сыну в семье, чтобы отличать его от старших братьев, либо невысокому человеку. Слово «малый» в древнерусском языке имело и форму «малын», которая и легла в основу фамилии.

По способу образования Малынова — типичная русская «патронимическая» фамилия с суффиксом -ов. В традиционной модели «чей сын?» — «Малынов сын» означало «сын Малына». Со временем притяжательное прилагательное закрепилось как фамильное имя. Форма Малынова — женская, от мужской Малынов.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «малына» — так в некоторых говорах называли мелкую рыбу или малину (с перестановкой звуков). Однако эта гипотеза слабее: прозвища по названию ягоды или рыбы встречаются реже, чем по личным качествам, и обычно образуют фамилии с другим суффиксом.

Фамилия не относится к числу распространённых. Встречается в центральных областях России, в Поволжье и на Урале. Встретить её можно и в старых переписях, где фигурируют крестьяне и посадские люди — фамилия явно недворянская, образовалась в крестьянской или мещанской среде не позднее XVII–XVIII веков.