Фамилия Малайова — редкий случай, когда географический суффикс сталкивается с неочевидной основой. Обычно фамилии на -ов/-ев образуются от мужских имён или прозвищ, но здесь мы видим основу «Малай» и суффикс -ов, а окончание -а указывает на женскую форму. В русской традиции такие фамилии закрепились за женщинами, тогда как мужской вариант — Малайов. Но из-за того, что фамилия встречается редко и могла фиксироваться в документах уже в женском роде, вопрос о первичной форме остаётся открытым.

Основа «Малай» восходит к прозвищу или имени, которое могло иметь два источника. Первый — тюркский: «малай» в ряде тюркских языков означает «мальчик, парень» или «слуга, работник». В южнорусских и казачьих областях, где было сильное тюркское влияние, такое прозвище могли дать молодому, неженатому мужчине или, наоборот, батраку. Второй источник — славянский: от прилагательного «малый» через диалектную форму «малай» (маленький человек). В этом случае фамилия Малайова — родственная более частым Малых, Малов, Малютин, но с другим суффиксом.

География фамилии узкая. Данные переписей и телефонных справочников показывают, что Малайова встречается преимущественно на юге России — в Ростовской области, Краснодарском крае, а также в Молдове и Приднестровье. Это совпадает с зоной расселения запорожских и донских казаков, где тюркские заимствования в прозвищах были нормой. В центральных и северных регионах России фамилия практически отсутствует, что делает её хорошим маркером южного происхождения рода.

Словообразовательная модель простая: к основе «Малай» добавили типичный русский патронимический суффикс -ов, который указывал на принадлежность («чей?» — Малайов). То есть предок носителя фамилии (в мужском роде) был известен как Малай — либо по прозвищу, либо по нецерковному имени. В отличие от фамилий на -ин, которые чаще образуются от основ на -а/-я, здесь суффикс -ов говорит о том, что основа оканчивалась на согласный (Малай). Это стандартная модель для русских фамилий, но сама основа «Малай» — нечастая.

Сословная принадлежность предков, скорее всего, была крестьянской или казачьей. Фамилии на -ов в массе своей принадлежали простым людям, а не дворянам, и Малайова — не исключение. В списках дворянских родов она не значится. Если опираться на тюркскую версию, предок мог быть «малаем» — младшим работником или сыном в семье, что в условиях казачьего быта не было унизительным, а скорее описательным.

Спор между тюркской и славянской версиями решается в пользу тюркской: слишком узкая география фамилии совпадает с регионами, где тюркские прозвища были массовыми, и форма «малай» в значении «мальчик» встречается в документах XVI–XVII веков на Дону. Славянская версия «от малый» дала бы больше вариантов (Малаев, Малайкин) и более широкое распространение. Поэтому правдоподобнее, что Малайова — фамилия потомка человека, которого в молодости или по службе называли Малаем, и это прозвище закрепилось за родом.